Hầu hết các trường hợp chống chỉ định mang tính tương đối, có thể bị bỏ qua việc sử dụng ECMO để điều trị cho các bệnh nhân khác. Các trường hợp ấy là:

1. Các điều kiện đã có từ trước làm ảnh hưởng đến chất lượng cuộc sống (tình trạng của hệ thần kinh trung ương, bệnh ác tính giai đoạn cuối, nguy cơ xuất huyết toàn thân với thuốc chống đông máu).
2. Tuổi tác và kích thước cơ thể.
3. Các ca bệnh nặng ở những người quá yếu, đã được điều trị nhưng quá lâu, hoặc đã chẩn đoán là tử vong.